As aplicações de software se tornaram o alvo preferencial do ataque dos criminosos, por isso é preciso garantir que as aplicações sejam projetadas, desenvolvidas e implantadas sem falhas de segurança. Pesquisar e desenvolver novas tecnologias nestas áreas são os objetivos da Divisão dos Sistemas de Informação (DSSI) do CTI.

A DSSI desempenha um importante papel para melhorar a segurança de software. Para isto, suas principais ações são desenvolver metodologias, procedimentos e ferramentas para melhorar a segurança de sistemas interligados às redes de comunicação, apoiando o aprimoramento da segurança de organizações públicas e privadas e buscando formar pessoal especializado e disseminar uma cultura de segurança.

Uma das principais linhas de pesquisa da divisão é a análise de registro e tráfego na rede, participando e liderando o Consórcio Brasileiro de Honeypots e o Projeto Honeynet.BR, redes especificamente criadas para atrair artefatos maliciosos – como vírus e spywares – a fim de estudá-los e caracterizá-los. Neste sentido, o CTI possui um convênio de colaboração com a empresa Grisoft, fabricante do antivírus AVG. Outro projeto de destaque é feito com o Tribunal Superior Eleitoral (TSE), para qual o CTI realiza testes de segurança e análise de vulnerabilidade no sistema das Urnas Eletrônicas usadas nas eleições.